Las instituciones han constituido la sociedad que se encargará de la gestión del soterramiento que se espera acabar en 2017.
El nuevo trazado que esta propuesto por Fomento consiste en dos túneles paralelos de doble vía con tráfico separado de mercancías y pasajeros. El tramo soterrado, de 6,8 kilómetros de longitud, irá desde el barrio de Zabalgana a Zurbano.
Una vez concluida la obra se liberará un espacio de 300.000 metros cuadrados que se integrará en la ciudad. El valor de las plusvalías netas que se espera obtener de la transformación de los suelos actualmente propiedad del Estado que serán desafectados del uso ferroviario no será inferior a los 100 millones, que también se invertirán en la obra.